Được thành lập vào năm 1998, Câu lạc bộ bóng đá Suphanburi trở thành thành viên của Liên đoàn tỉnh Thái Lan hoạt động song song với Liên đoàn Thái Lan và được Cơ quan Thể thao Thái Lan (SAT) giám sát. Vào năm khai mạc giải đấu năm 1999, câu lạc bộ kết thúc với tư cách là vận động viên. Nhìn chung, Suphanburi là một trong những đội thành công nhất trong Pro League. Họ đã giành được chức vô địch hai lần (2002 và 2004) và cũng là vận động viên trong ba lần.